교과목이수 및 학위취득에 관한 기본규정은 아래와 같이 정한다.

1) 협동과정에서 개설한 전공과목 중 최소 2과목 이수를 포함하여 총 24학점 취득 시 석사과정 수료
2) 계산협동과정 개설과목 및 지도교수 소속대학에서 개설과목 또는 지도교수가 승인한 타 대학 개설과목 중에서 취득한 학점인정
3) 자격시험 및 기타 학위취득에 관한 사항은 서울대의 해당 규정을 준용함



가. 자립적 운영
기본적으로 본 계산과학협동과정은 차세대의 우수한 고급인력을 양성하는 교육프로그램으로 대학교내에 여러 대학과 연구소에 산재되어 있는 계산과학 관련 교수 및 전산기기를 적극 활용하여 겸임교수 형태로 운영하도록 한다. 특히 중앙교육전산원의 슈퍼컴퓨터를 전산원장의 지원 아래 적극 활용하도록 한다. 독자적인 연구공간이 마련될 때까지는 석, 박사 학위를 위한 연구는 지도교수가 소속된 대학이나 연구소에서 수행하게 함으로써 별도의 연구공간이 없어도 운영이 가능토록 한다.

나. 관련학과
1) 자연과학대학: 수리과학부, 통계학과, 물리학부, 화학부, 생명과학부, 지구환경과학부
2) 공과대학: 기계항공우주공학부, 조선해양공학과, 전기공학부
3) 농생명과학부
4) 사범대학: 수학교육과

다. 교육 및 학사제도
협동과정 주임을 장으로 하는 교과고정위원회를 구성하여 학사에 관한 사항을 관장하며, 협동과정 교과목을 대학원 학위 수여 제 규정에 따라 체계적으로 이수하도록 한다. 모든 전공선택과목은 타 학과(부)에서 강의가 개설되는 것을 원칙으로 하며, 이것이 가능하지 않을 때는 협동과정에서 개설한다. 전공필수 및 전공선택과목은 참여교수가 공동으로 강의하도록 하며 일부 전공선택과목은 해당대학의 교과목으로 대체할 수 있도록 한다. 연구논문 지도는 협동과정 참여교수가 담당하며 선정된 지도교수가 대학원생의 석, 박사 학위논문을 지도한다